保密協議是指企業與員工、合作單位或其他對象簽訂的契約，用以保護營業秘密、商業機密或其他敏感資訊。若是與員工簽訂，通常會在到職時一併與勞動契約及競業禁止條款簽署；如職務異動或離職時，也應再次提醒或補充保密義務。

注意事項1：機密資訊的範疇

機密資訊必須具備三要件：

具有機密性（一般涉及該類資訊之人所不易得知）、具經濟價值（能帶來實際或潛在利益）、已採取合理保密措施。

協議中應明確界定哪些資訊屬於保密範圍，並描述其具體形式（如書面文件、電子檔案、會議記錄、口頭交流），以及可能涉及的內容（如行銷數據、客戶名單、專案企劃、市場研究分析、內部決策等）。唯有如此，才能清楚區分與一般資訊的差異，避免認定爭議。

注意事項2：保密義務的範圍

除了說明「哪些資訊需要保密」，協議還應具體規範「應如何保密」，以使雙方對保密行為的範圍有明確依循，減少未來爭議。

注意事項3：保密期限

協議有效期限與保密義務期限並不相同，前者係指契約的存續時間，後者則會依資訊性質決定是否還要繼續保密。所以協議結束，並不等於保密義務同時結束。

注意事項4：違反的效果

機密外洩與一般損害不同之處在於機密的洩漏無可回復，一旦外洩便無「機密」可言，且損害之範圍與結果亦難以計算，因此雙方必須在事前就先約定好違反保密協議的效果，如違約金及損害賠償額等，降低日後舉證之成本，以杜紛爭。